Jokioisten Museorautatien kesän 2003 aikataulunmukainen liikenne alkoi sunnuntaina 1. kesäkuuta. Liikennekauden avajaisia vietettiin tällä kertaa ilman juhlapuheita, sillä kesäisen aurinkoisen avajaispäivän pääosassa olivat vanhojen junien lisäksi vanhat autot ja muut entisajan masiinat. Minkiön asemalle kokoontui parisenkymmentä vanhaa autoa ympäri Etelä-Suomen. Lisäksi esillä olivat vanha traktori sekä Sampo-puimakone, jota pyöritti vanha maamoottori.
Museojunat liikennöivät vuonna 2003 aikataulun mukaisesti sunnuntaisin kesä-, heinä- ja elokuussa sekä kahtena lauantaina syys- ja lokakuussa. Liikennekauden aikataulut löytyvät aikataulusivulta.